Sistem tata kelola perusahaan yang baik (Good Corporate Governance/GCG) di Malindo adalah implementasi dari nilai-nilai tradisi yang telah dibangun dan dianut secara turun-temurun. Nilai-nilai budaya Malindo yang terdiri dari Kerja sama tim yang baik, menjunjung tinggi integritas, memprioritaskan kepuasan pelanggan, dan berkomitmen untuk bekerja di atas standar, menjadi panduan dalam setiap proses bisnis dan dasar evaluasi bagi pencapaian Perseroan.